进入1998年，案件还是没有什么进展。为了能够有所推进，波尔德市警察局游说要进行一次大陪审团调查，认为这样的机构可以拿到警察局所拿不到的证据。3月22日，四女八男组成了一个大陪审团。大陪审团于9月15日开始工作。到了那时，尽管案件还是没有很大进展，在人员上却有了很大的变动。

8月6日，史蒂夫·托马斯向贝克纳部长提交了辞呈，抱怨警方对本案侦查不力，也抱怨检察官办公室从中插手不起诉拉姆齐夫妇。他怀疑究竟能否为琼贝妮特取得正义。

9月20日，罗·斯密特向地区检察官亨特提交了辞呈，说：“我的良心让我无法迫害无辜的人。我的观点如此强烈，以至于我继续工作将是不正当和不道德的。”

谋杀案发生两周年以后，仍然没有抓到任何嫌犯。约翰·拉姆齐丢掉了他在通路图形公司的工作。他相信自己被辞退的原因是自己不断在公共场合露面影响了公司形象。他很可能是正确的。

1999年3月19日，侦探琳达·安特从警察局辞职了。在我看来，这是案件调查混乱的又一个后果。安特描述过自己是怎样从约翰·拉姆齐的眼睛里看到事实真相的。大多数人听了她的话都会认为约翰就是凶手。史蒂夫·托马斯所拥有的证据和安特所拥有的一样，但是他的结论是帕特茜是凶手，而约翰在伪造现场之前一直与案件无关。

大陪审团的期限应该于1999年4月21日终止。但是4月7日，因为其工作还远未结束，所以又延长了六个月。

我在1999年4月26日和27日在大陪审团前作了证。因为他们的记录是保密的，所以我不能自由透露我所说的内容。但是媒体的人推测说我的证词和罗·斯密持的证词在大陪审团成员的心里造成了严重的怀疑。我不知道这是否属实，也不知道斯密特做证的内容。我只知道我向他们讲了我所相信的事实，并且我相信他也—样。

在我做证之前，汤姆·维克曼探长向我作了自我介绍，并说他读了我所有的书，特别喜欢我的《犯罪分类手册》。他现在负责波尔德市警察局的侦查工作。他为我在犯罪分析领域里所作的工作及其对执法工作的重要贡献向我致谢。我非常感谢维克曼的话。

1999年10月13日，阿里克斯·亨特和大陪审团宣布在琼贝妮特·拉姆齐案中还没有足够的证据指控任何人。有些人推测说最终的决定可能是亨特做出的，因为根据科罗拉多州的法律，大陪审团的主席和地区检察官必须联名签署指控书才能让它生效。

史蒂夫·托马斯谴责亨特，说他没有指控拉姆齐夫妇并让陪审团来决定案件的事实。哈佛大学教授、律师阿兰·德肖维茨认为亨特是“宪政英雄”，因为他克服了重重险阻，没有让自己认为没有足够证据的案件被审判。这是这个案件所产生的又一个无法弥合的分歧。